حیات و سیره سیاسی و فرهنگی امام محمد باقر (ع) در برههای حساس از تاریخ اسلام، نقطه عطفی در گذار از مظلومیت پس از کربلا به سوی اقتدار تشکیلاتی و استقلال مذهبی بود.
پس از حوادث خونینی چون واقعه «حره» و قیام «توابین»، دعوت های شیعی چنان سرکوب شده بود که امام سجاد (ع) شمار یاران واقعی خود را در تمام حجاز کمتر از بیست نفر میخواندند؛ اما در عصر امام باقر (ع)، این دعوتِ متوقف شده، با بهرهگیری هوشمندانه از شکافهای ناشی از ضعف مروانیان و درگیریهای داخلی خلافت، دوباره جان گرفت. در این دوران، تشیع از یک جمع پراکنده به یک شبکه ای نظاممند بدل شد که ریشههایش از حجاز تا عراق و خراسان گسترده بود. نفوذ این شبکه به قدری بود که هنگام ورود امام به مسجد پیامبر (ص)، انبوه مردم گرد ایشان حلقه میزدند و بزرگانی چون ابوحنیفه و قتاده برای احتجاج یا تلمذ به سوی ایشان میشتافتند.
این نظامسازی با یک «انقلاب فرهنگی» همهجانبه علیه تحریفات بنیامیه همراه شد. دستگاه خلافت با استخدام عالمان خودفروخته، مفاهیمی چون «اولواالامر» را به نفع سلطه زور تغییر داده بود، اما امام با شکافتن حقایق قرآنی و ترسیم مرزهای دقیق اعتقادی، ذهنیت مردم را نسبت به نظام حاکم تغییر دادند. این مبارزه فرهنگی صرفاً بیان احکام نبود، بلکه سمتی انقلابی برای بستن راه بر طاغوت داشت. ایشان با نقد شاعران درباری و برکشیدن شاعران انقلابی چون «کمیت اسدی»، جبهه رسانه را پیش برد و با تالیف آثاری چون «تفسیر ابوالجارود» و روایت خطبههای توحیدی امیرالمؤمنین (ع)، اجازه ندادند تاویل قرآن در انحصار دستگاه جور باقی بماند.
در حوزه حدیث نیز با تاکید بر قاعدهی «درایت» به جای نقلِ صِرف، معرفت واقعی را در فهم روایت دانستند و میراث نبوی را از تحریف مصون داشتند.
بخش مهمی از این راهبرد، ایجاد یک «سازماندهی پنهانی» توسط نخبگانی موسوم به «اصحابالسّر» بود. شاگردان ویژهای که به عنوان وکلا و نواب، وظیفه حفظ پیوستگی شیعیان را در سرتاسر جهان اسلام بر عهده داشتند. نمونه بارز این انضباط تشکیلاتی، جابر بن یزید جعفی است که به فرمان امام برای جلوگیری از افشای شبکه سری کوفه و رهایی از حکم اعدام، تظاهر به جنون کرد؛ سطحی از کادرسازی که حتی دستگاه اطلاعاتی هشام بن عبدالملک را به زانو درآورد.
امام با پرورش دانشمندانی چون محمّد بن مسلم و زرارة بن اعین و گسیل آنها به کانونهای جمعیتی، ساختاری را بنا نهادند که در آن فعالیتهای سازمانیافته زیر پوشش مباحث علمی و با استفاده از روش «تقیه تشکیلاتی» و القاب رمزگونه حفظ میشد. این هوشمندی باعث شد فقه شیعه به دلیل تدوین نظاممند، حتی زودتر از مذاهب اهل سنت به مرحله بلوغ و تبویب برسد.
اقتدار امام و نفوذ کلام ایشان در میان تودهها، هشام بن عبدالملک را به رویارویی مستقیم در دارالخلافه شام واداشت. امام در این تقابل سیاسی، با شکستن پروتکلهای درباری و سلام نکردن به لقب «امیرالمؤمنین»، هیمنه خلیفه را شکستند و در قلب قصر او فرمودند: «خداوند هدایت را با ما آغاز کرد و پایان کار نیز با ماست؛ دولت شما مستعجل و دولت ما جاودانه است.» حتی در سفر اجباری به شام، با مباحثه با رهبانان مسیحی، برتری معنوی اهلبیت را به رخ کشیدند.
این ایستادگی چنان بود که حتی همزنجیران ایشان در زندان نیز دگرگون شدند و خلیفه از ترس شورش، دستور اخراج ایشان را صادر کرد.
امام همواره با صراحت اعلام میکردند که دانش صحیح تنها در «این خانه» یافت میشود و بدین ترتیب تشیع را به عنوان تنها مسیر معارف اصیل تثبیت کردند.
این میراث که با دریافت صندوق حاوی «دانش» و «سلاح رسولالله» از امامان پیشین (ع) آغاز شده بود، زیربنای فکری شیعیات را چنان مستحکم کرد که امام حتی زمان تقریبی پیروزی را به خواص نوید میدادند.
اگرچه ایشان برای حفظ مصالح عالیه از قیام مسلحانه زودرس جلوگیری کردند، اما آرمان تشکیل حکومت الهی را همواره زنده نگاه داشتند. دوران امام باقر (ع) فصل جدیدی از اجتماعی شدن تشیع بود؛ ایشان با پیوند زدن تقیه به کنشگری سیاسی، تشیع را از یک اقلیت تحت فشار به یک «نهضت فکری و سیاسی صاحب سبک» تبدیل کردند که آمادگی داشت در دوران امام صادق (ع) به اوج شکوفایی تمدنی خود برسد.

